Sepekov patří k nejstarším osadám na severu jižních Čech. Od 13. století je Sepekov připomínán jako majetek rodu Vítkovců. Nešťastný osud českých zemí po smrti Přemysla Otakara II. sdílelo i rychle se rozvíjející městečko. Za účast na odboji proti králi Václavu II. byl Sepekov majitelům jako náhrada škody odebrán a vrácen teprve v roce 1307, ale již do rukou jiné větve Vítkovců, Rožmberků. Na počátku 14. století je zde postaven farní kostel sv. Mikuláše. Po krátké době rozkvětu přicházejí husitské války. Nedaleko je zničeno centrum rožmberského panství celé této oblasti: dvojhrad Příběnice – Příběničky a vzniká husitský Tábor.
Díky tomuto nepříznivému vývoji ztrácejí Rožmberkové zájem o lokality daleko od jejich hlavních držav. Sepekov je využíván jako majetková zástava za neplacené dluhy. Ale již v osmdesátých letech 15. století končí rožmberská vláda definitivně, Sepekov a okolí získávají Šternberkové se sídlem na Bechyni. V roce 1530 kupují Sepekov Švamberkové, kteří jej připojují ke svému milevskému panství. Od nich kupují jeho část i se Sepekovem v roce 1581 Hodějovští z Hodějova. Za jejich účast na stavovském povstání proti Habsburkům jim pak byl majetek zkonfiskován. Milevské panství se Sepekovem přechází v rámci restitucí církevního majetku v roce 1622 do správy Královské kanonie premonstrátů v Praze na Strahově. Součástí strahovského majetku je Sepekov až do zrušení poddanství v roce 1848.
Historie kostela
Kostel Jména Panny Marie a celý poutní areál byl postaven z rozhodnutí strahovského opata Mariana Hermanna. V roce 1730 byl položen základní kámen chrámu, jehož architektonický návrh nese stopy K.I.Dientzenhofera. Kostel byl dokončen již v roce 1733 a 26. září byl do něho slavnostně přenesen Milostný obraz Panny Marie Sepekovské a 27. září byl vysvěcen ke cti Jména Panny Marie světícím biskupem Janem Rudolfem, hrabětem Šporkem. Celá práce na poutním areálu byla dokončena v roce 1767.
Milostný obraz Panny Marie Sepekovské, byl součástí gotického křídlového oltáře z přelomu 15.- 16. století. Panna Maria je na něm vyobrazena jako Assumpta (Nanebevzatá). Dnes je obraz zasazen do
barokního oltáře. Různé kopie tohoto obrazu se nacházejí v okolních kostelích. Tím je také vyjádřené zřejmé pouto okolních farností k tomuto poutnímu místu.